16S/18S/ITS rDNA扩增子测序

 

背景介绍

 

微生物组是指存在于特定环境中所有微生物种类及其遗传信息和功能的集合，微生物组被称为“人体第二基因组”。特别是肠道菌群对宿主很多重要生理功能的维护和发挥起着非常重要的作用，这些菌群微生物与人体健康息息相关，对人体营养物质代谢、人体自身发育、免疫及疾病的产生等方面都起到极其重要的作用。现有的研究表明，健康人的肠道细菌与某些疾病患者显著不同，肠道微生物与多种疾病发病直接相关，比如癌症、心血管疾病、神经性疾病等。

 

微生物与人体健康息息相关

 

 

产品简介

 

以高通量测序为基本手段的扩增子检测技术，为微生物组学研究的快速发展起到了极大的推动作用，为与微生物相关的疾病研究提供了有效的解决方案。利用此技术可以一次性完成多个样本的平行测序，对微生物的物种组成、种群结构、进化关系、功能基因组、差异基因等进行分析。

 

技术流程

 

细菌 16S rDNA 全长约 1540bp，包含 10 个保守区和 9 个高变区 (V1-V9)，其中保守区在细菌间差别不大，高变区具有高度特异性，因此可通过对 16S rDNA 全长区域或某些高变区域进行测序来分析细菌群落多样性，其中基于 16S rDNA 全长序列的分析能鉴定种水平，分类和定量也更准确。分析服务平台分为两大部分：基本分析和模块分析。其中模块分析可根据需求对要研究的样品分组，进行物种组成分析、alpha 多样性分析、beta 多样性分析和差异分析。

16S rDNA 区段及全长测序分析流程

 

结果展示

 

 

 

OTU花瓣图（左1）； GraPhlAn进化树（左2）； 物种组成分析柱状图（右1）； 物种/功能聚类热图（右2）

 

Krona物种组成展示（左1）； 基于物种的样品聚类树（左2）； LEfSe分析进化分枝图（右1）； PCA/PCoA聚类图（右2）

 

属水平RDA分析（左1）； 功能基因数目统计示意图（左2）； 代谢通路示意图（右1）； 网络互作图（右2）

 

 

送样要求

 

 

 

 

应用方向

 

 

 

 

应用案例

 

 

微生物标志物的结直肠癌早诊早筛研究

Identification of microbial markers acrosspopulations in early detection of colorectal cancer

发表杂志：Nature Communications（IF: 14.919） ； 发表时间： 2021年 5月； 应用技术： 16S rDNA扩增子测序

 

肠道微生物群与结直肠癌（CRC） 之间的关系已被广泛研究。然而在多个人群中用于早期腺瘤诊断的可复制标记物仍然是未知的。该研究对1,056份粪便样本进行了综合分析，以确定腺瘤相关的微生物标志物，用于早期检测结直肠癌。构建了随机森林分类器，由11个区分腺瘤与对照的标记物（ROC曲线下面积（AUC）=0.80） 和26个区分腺瘤与CRC的标记物（AUC=0.89） 组成。此外，在两个独立队列中验证了分类器的AUC分别为0.78和0.84。从而证明腺瘤特异性标志物在多人群中的有效性，有助于CRC的早期诊断和治疗。

 

对照、腺瘤以及癌症组不同菌群多样（左）； 利用Biomarker区分腺瘤与对照或癌症（右）