全转录组测序

 

产品简介

 

转录组测序是通过高通量测序技术全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，包括编码RNA和非编码RNA，结合生物信息技术获得RNA的表达和调控信息，检测多种RNA的表达和变化，同时建立不同类型的非编码RNA与mRNA之间的调控关系，探索RNA之间的相互作用，构建潜在的RNA调控网络，系统的揭示生物现象背后RNA世界的转录调控规律。

 

 

技术路线图

 

 

结果展示

 

 

基因表达量小提琴图（左）； 样本相关性图（中）； 差异表达基因火山图（右）

 

差异基因在染色体上的分布图（左）； 差异表达模式聚类图（中）； circRNA-miRNA-mRNA网络图（右）

 

 

送样要求

 

 

 

应用方向

 

 

 

应用案例

 

全转录组测序识别与胆管癌相关的关键转录组特征

Whole-transcriptome sequencing identifies key differentially expressed mRNAs, miRNAs, lncRNAs, and circRNAs associated with CHOL

发表杂志：Therapy-Nucleic Acids（IF： 8.886） ； 发表时间： 2020年 9月； 应用技术： 全转录组测序

 

为了系统地评估胆管癌（CHOL） 的全转录组测序数据，以进一步了解该癌症的转录组学特征和分子机制，本研究对8例CHOL患者的肿瘤（C） 和相应的非肿瘤邻近肿瘤（CP） 进行了全转录组测序。与对照组相比，CHOL样本中总共发现了2,895个差异表达的mRNA， 56个差异表达的microRNA， 151个差异表达的lncRNA和110个差异表达的circRNA。对与miRNA、 lncRNA和circRNA相关的差异表达基因的富集分析也鉴定了剪接体的功能。下调的hsa-miR-144-3p在竞争性内源性RNA（ceRNA） 复合体网络中显著富集，其中还包括7个上调和13个下调的circRNAs、 7个上调的lncRNAs、 90个上调和40个下调的mRNAs。

 

研究路线图（左）； KEGG 通路富集的气泡图（右）

 

lncRNA-miRNA-mRNA互作网络（左）； 竞争性内源性RNA(ceRNA)网络（右）