BD Rhapsody单细胞3'转录组+膜表面蛋白检测

 

产品简介

 

 

单细胞转录组测序如何进行单细胞的捕获，是决定单细胞检测成本和通量的关键步骤。高通量单细胞捕获目前主流的有两大策略，一种是以10x Genomics为代表的采用微流控芯片技术（Microfluidic） ，另一种，就是BD Rhapsody为代表的采用微孔板（Microwell） 技术。 BD Rhapsody单细胞分析系统包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上样台、 BD Rhapsody扫描仪三大部分。

 

BD Rhapsody上样台（左）； BD Rhapsody卡式芯片（中）； BD Rhapsody扫描仪（右）

 

技术原理

 

BD Rhapsody^TM 卡式芯片由上万个微孔组成，主要承担样本以及试剂的添加，在平面卡式芯片上，一个细胞与一个条码标记微球（beads） 依次落入同一个微孔中，细胞裂解释放mRNA并且与磁珠上的引物序列杂交，进而完成细胞的捕获和mRNA反转录。磁性回收beads，抓取cDNA进行文库构建并测序。接下来采用BD Rhapsody^TM 单细胞分析系统进行数据分析，一次可以获得100~10,000个单细胞的基因表达数据，实现单细胞水平鉴定和表征细胞类型的目的。

 

BD Rhapsody 微孔捕获及标记细胞原理

 

 

BD Rhapsody 单细胞测序实验流程图

 

BD Rhapsody 单细胞表面蛋白检测

 

 

结果展示

 

 

细胞分群图（左）； 蛋白表达密度分布图和热图分析（右）

 

Marker 基因聚类热图（左）； 基因表达拟时间分析（右）

 

产品优势

 

超高通量

每个样可检测100-10,000个细胞；

 

多组学检测

可以同时实现靶向mRNA+ 蛋白质+ VDJ CDR3的单细胞多组学研究；

 

系统可靠

可利用成像系统对单细胞捕获过程进行质控；单细胞捕获效率高达80%，多细胞比例<1%(1,000个细胞中)；

 

经验丰富

百奥医药技术团队现已累积100余种不同组织类型、数千余个样品的单细胞测序经验。

 

送样要求

 

 

应用方向

 

 

应用案例

 

单细胞测序揭示HIV慢性感染MAIT细胞功能损伤新机制

Sustained IFN-I stimulation impairs MAIT cell responses to bacteria by inducing IL-10 during chronic HIV-1 infection

发表杂志：Science Advances （IF: 14.136）； 发表时间： 2020年 2月； 应用技术：BD Rhapsody单细胞转录组测序， BD Rhapsody单细胞表面蛋白检测

 

HIV-1感染者的粘膜相关恒定T细胞（MAIT） 会发生功能受损，其机制尚不清楚。单细胞转录组结合表面蛋白分析显示，与健康个体相比，随着干扰素（IFN） 刺激基因上调， HIV-1感染者的外周MAIT细胞被高度激活。持续的IFN-α作用，通过触发单核细胞产生高水平IL-10，抑制了MAIT细胞对大肠杆菌刺激的应答, 进而抑制IL-12（一个关键的MAIT细胞活化共刺激细胞因子）的分泌。阻断IFN-α或IL-10受体，可以体外阻止HIV-1暴露引起的MAIT细胞功能障碍。此外，阻断IL-10受体可显著改善HIV-1感染者MAIT细胞的抗结核应答。研究发现证实了IFN-I/IL-10轴在HIV-1患者MAIT细胞功能障碍中的中心作用，这对开发针对HIV-1患者细菌共感染的抗IFN-I/IL-10策略具有意义。

 

T细胞亚群的单细胞转录和表面蛋白表达谱（左）； 基因和蛋白的差异表达分析（右）

 

IFN-I信号与HIV-1感染MAIT细胞功能障碍的相关性