科研服务
Visium HD空间转录组测序
产品简介
基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性通常可以通过对不同时间点的样本取材，再使用单细胞转录组测序技术来进行解析。然而，空间特异性信息常常难以获得。10x Genomics Visium 空间转录组技术，可在组织原位以超高分辨率研究基因表达特征和空间分布。通过该技术分析，能够探索并揭示细胞类型、细胞状态和生物标志物的空间排布。结合单细胞转录组和空间转录组进行联合研究，可使空间位置的基因表达研究深入到超高分辨率的单细胞层次，对于癌症、免疫、神经、发育等领域有着令人期待的应用前景。
Visium HD 空间转录组测序，旨在满足客户对更高分辨率Visium产品的需求，通过单细胞尺度分辨率增强了已经验证的全转录组空间分析，实现了连续的组织覆盖，并通过创新探针和精准Visium Cytassist平台提供了一流的数据。
技术原理
Visium HD 空间转录组基因表达玻片包含2个6.5 x 6.5 mm的捕获区域，捕获区域由~1100万个2 x 2µm的无间隙排列的正方形组成，每个正方形中又连续排列着数百万个带空间条形码的寡核苷酸探针，用于捕获细胞中的mRNA。该芯片同时实现了全组织覆盖和单细胞级空间分辨率。
Visium HD基因表达芯片设计
Visium HD空间转录组是基于探针捕获的原理完成组织样本中RNA信息的捕获标记。首先，组织切片、组织制备、染色和成像都在标准载玻片上进行，在探针杂交后，将两张标准载玻片和一张带有两个捕获区域的基因表达玻片放入CytAssist仪器中，通过CytAssist仪器捕捉明场图像，为数据分析提供空间定位，随后将转录组探针与基因表达玻片杂交，通过带有不同位置标签的探针获取样本切片不同空间位置的转录本的表达水平。最后，把基因表达玻片从仪器中取出，进行后续探针延伸及文库构建，经过高通量测序后，获得组织的转录组数据。
基于CytAssist的Visium HD空间转录组技术流程
支持平台
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10x Genomics Visium HD空间转录组平台
结果展示
小鼠肠道 Visium HD 数据展示
前列腺癌全转录组图谱
人乳腺导管原位癌全转录组图谱
产品优势
超高分辨率
2 x 2 µm的正方形紧密排列的捕获点设计，实现了单细胞级分辨率；
全组织覆盖
通过连续无间隙排列的带有寡核苷酸的捕获区域，对整张组织切片进行全覆盖捕获；
高灵敏度
设置多对特异探针对靶序列进行捕获，提高基因的检出效率及特异性；
流程简便
基于CytAssist平台，通过简单的工作流程获得无与伦比的空间数据质量；
FFPE兼容
突破从FFPE（石蜡包埋）组织中获取空间基因表达信息的障碍；
与组织学数据有机结合
易于使用的可视化工具（Loupe Browse）将组织学和基因表达数据无缝结合，更便于研究者观测；
平台完善
具有冷冻切片机、超高分辨率显微镜、 10x Genomics Visium等服务平台；
团队专业
中科院博士带领专业实验团队。现已累积百余种不同组织类型、数百余个样品的空间转录组实验经验。
空间转录产品性能对比
应用方向
肿瘤研究：肿瘤微环境、肿瘤异质性;
免疫研究：免疫微环境;
发育生物学：细胞类型的空间分布、时空变化;
脑神经学：神经系统研究、脑图谱构建;
病理学：病例切片的空间基因表达信息;
细胞图谱：构建三维空间图谱。
Visium HD已完成测试的组织类型
